Een nader ecologisch onderzoek volgt wanneer op basis van de Quickscan ecologische waarden is gebleken dat er mogelijk negatieve effecten op beschermde plant- of diersoorten zullen optreden als gevolg van een ruimtelijke ingreep. Het zou bijvoorbeeld kunnen dat er vaste rust- of verblijfplaatsen verloren gaan of beschadigd raken. Het nader onderzoek is aan de orde om een definitieve effectenbeoordeling te kunnen opstellen. De mogelijk aanwezige beschermde functies binnen het plangebied worden onderzocht aan de hand van de actuele protocollen van BIJ12 en het Netwerk Groenebureaus, zoals het vleermuisprotocol.
De protocollen stellen voorwaarden aan de periode van onderzoek, de weersomstandigheden en de minimale onderzoeksinspanning. Aangezien het nader onderzoek altijd seizoensgebonden is, is het verstandig om tijdig ecologisch onderzoek in gang te zetten om verrassingen en vertragingen te voorkomen.
Indien uit het nader onderzoek blijkt dat er negatieve effecten op beschermde functies zullen zijn, dan is er een omgevingsvergunning benodigd. Het is verboden om activiteiten uit te voeren die schadelijk kunnen zijn voor flora en fauna. Een omgevingsvergunning voor een Flora- en fauna activiteit kan worden aangevraagd bij het Bevoegd Gezag indien er wordt voldaan aan bepaalde voorwaarden.
